Lyngenfjordprosjektet (1993 – 1996) var en forløper til former for lokal forvaltning av marine ressurser i kystsonen. På begynnelsen av 1990-tallet satte kommunene Lyngen, Storfjord og Kåfjord i gang et prosjekt i den hensikt å prøve ut en modell for lokal forvaltning av fisket i Lyngenfjorden. Prosjektet kom som en reaksjon på innføringen av kvotesystemet i 1990, som etter kommunenes mening ikke var tilpasset fjordfiske på lokale kysttorskstammer i sjøsamiske områder slik som i Lyngenfjorden. I samarbeid med Universitetet i Tromsø og daværende Fiskeriforskning ble Lyngenfjorden gjort til et prioritert område for forskning på lokale torskestammer og lokal forvaltning, og kommunene utarbeidet prosjektbeskrivelse for lokal forvaltning av fjordressursene.
Prosjektet var også inspirert av tanken om en framtidig Samisk Fiskerisone som hadde blitt lansert av Sametinget i 1992, og som tidligere Kåfjordordfører Einar Storslett var med på å utarbeide en handlingsplan om (Storslett 1995). Kommunenes hovedintensjon med prosjektet var å utvikle det lokale næringslivet og skape lokale arbeidsplasser av fjordressursene, sett på bakgrunn av den nye situasjonen for det tradisjonelle fjord- og kystfisket etter 1990 (Brattland 2005).
På tross av store anstrengelser fra både kommunene og forskningsmiljøer fikk prosjektet ikke gehør hos Fiskeridepartementet, som i 1996 prinsipielt vendte tommelen ned for lokale forvaltningsprosjekter (Jentoft 1998). Også mangel på gode strukturer for samarbeid og ansvarsfordeling vanskeliggjorde arbeidet med felles forvaltning av en fjord delt mellom tre kommuner (Brattland 2005).
I ettertid har forskningen på lokale kysttorskestammer blitt intensivert, og det ble i 2012 åpnet for utprøving av lokal forvaltning av kystsonen i Tvedestrand kommune (prosjektet Aktiv forvaltning).